آزمایشگاه اکولوژی مولکولی پژوهشکده علوم محیطی فعالیت خود را با هدف حفاظت از تنوع زیستی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی آغاز نموده است. این آزمایشگاه به‌عنوان اولین آزمایشگاه در حوزه تنوع زیستی مولکولی کشور مجهز به ابزارهای جدید و پیشرفته گردیده و در حال حاضر چندین طرح پژوهشی و تحقیقاتی و همچنین پایان‌نامه‌های کارشناسی‌ارشد و دکتری مرتبط با مسائل محیط زیست و تنوع زیستی را حمایت می‌کند. از جمله قابلیت‌های این آزمایشگاه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
- انجام پایان‌نامه‌های دانشجویی در سطح کارشناسی‌ارشد و دکتری در زمینه اکولوژی مولکولی
- آموزش تکنیک‌های اکولوژی مولکولی و نرم‌افزاری
- آموزش تکنیک‌های مربوط به ژنتیک جمعیت
- انجام پروژه‌های مربوط به تنوع ژنتیکی در خصوص انواع مختلف گونه‌های جانوری و حفاظت از تنوع زیستی در مقیاس کوچک و بزرگ
- شناسایی ژنتیکی گونه‌های مهاجم و غیر‌بومی
- کمک به شناخت شکاریان و صیادان غیر مجاز و شناسایی گوشت گونه‌های شکار و صید شده (گونه‌های پستاندار، پرنده، خزندگان، دوزیستان، ماهیان)
- بررسی اثرات تخریب زیستگاه‌ها مانند آلودگی و ... بر تنوع ژنتیکی جمعیت‌ها و گونه‌ها