آزمایشگاه اکولوژی مولکولی پژوهشکده علوم محیطی فعالیت خود را با هدف حفاظت از تنوع زیستی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی آغاز نموده است. این آزمایشگاه به‌عنوان اولین آزمایشگاه در حوزه تنوع زیستی مولکولی کشور مجهز به ابزارهای جدید و پیشرفته گردیده و در حال حاضر چندین طرح پژوهشی و تحقیقاتی و همچنین پایان‌نامه­‌های کارشناسی‌ارشد و دکتری مرتبط با مسائل محیط زیست و تنوع زیستی را حمایت می­‌کند. از جمله قابلیت­‌های این آزمایشگاه می‌­توان به موارد زیر اشاره کرد