آزمايشگاه‌های پژوهشکده علوم محیطی با هدف انجام تحقيقات پژوهشی - کاربردی و خدمات آزمايشگاهی، فعاليت خود را از سال 1385 با توانایی انجام آزمايش‌های مختلف در زمینه آنالیز نمونه‌های آب، خاک، بافت گیاهی و جانوری، تنوع زیستی و سلولی آغاز كرده است. هم‌اكنون آزمايشگاه‌های این پژوهشکده در فضايی به وسعت حدود 300 مترمربع شامل آزمايشگاه‌ آنالیز دستگاهی، آزمايشگاه‌ آب و خاک و آزمايشگاه‌ تنوع زیستی است. این مجموعه آزمایشگاهی با برخورداری از انواع دستگاه‌ها و تجهيزات مناسب و همچنین امکانات آزمايشگاه میدانی، علاوه‌ بر رفع نيازمندیی‌های آزمايشگاهی - تحقيقاتی دانشجویان، با اجرای دقيق ضوابط کنترل و تضمين کيفيت و بهره‌گيری از روش‌های دقیق نمونه‌برداری، ارائه خدمات آزمايشگاهی به طرح‌های مشاوره‌ای و اجرايی را در رزومه خود دارا می‌باشد.